На протяжении многих веков Мирожская обитель хранила в своих стенах бесценную духовную жемчужину чудотворную икону Божией Матери. Ее называли Мирожская Оранта, поскольку при написании был использован древний византийский чин «Оранта», то есть моление. В последствии на иконе были добавлены изображения благоверного псковского князя Довмонта, в святом крещении Тимофея, и его супруги Марии, в монашеском постриге Марфы. Это дополнение стало знаком любви и благодарности псковичей этим праведникам за их служение Богу и людям. В ХYI веке Мирожская икона прославилась чудесным слезоточением, а затем исцелением горожан от смертельного поветрия. Согласно преданию, царь Иоанн IY увез икону с собой, а в монастыре был оставлен список с Мирожской Оранты.

В рукописном сборнике, хранившемся в монастырской библиотеке, записано сказание, составленное в лето 7103 (1595), т.е. спустя 28 лет после совершившегося от иконы чуда. Приводим его изложение современным языком:
«В славном и Богом хранимом граде Пскове есть монастырь между двух рек: большой рекой Великой и малой - Мирожей. В том монастыре соборная церковь во имя святого Преображения, свершившегося на горе Фавор, Господа и Спасителя нашего Иисуса Христа, и другая церковь - святого первомученика Стефана. В боголепном храме Преображения Господня была икона Матери Божией, местный образ Пречистой Богородицы. На той иконе с молитвою написан слева благоверный князь Домант псковский, нареченный во святом крещении Тимофеем, а на другой стороне от образа Матери Господней - княгиня Мария, супруга того князя Доманта, внучка великого князя Александра Ярославича Невского. От того пречистого образа Матери Господней, заступницы роду христианскому, показались таинственные чудеса: с обоих глаз Пречистой потекли слезы, как струи. О чудо!..

Игумен честной той обители Мирожской со всеми монахами того монастыря, где стояла многочудная икона, тотчас пошли в город возвещать священникам собора Святой Троицы, а также князю, посадникам и со всем народом, взяв честные кресты и святые иконы, со свечами и фимиамом, радуясь душою, пришли в обитель Спасова Преображения, взяли чудотворную икону Матери Господа, Владыки нашего Иисуса Христа, и сразу понесли ее в богоспасаемый град Псков, распевая духовные песни Богородице. Радуясь духом, люди прыгали перед образом Матери Господней, как в древности перед киотом завета Господня, и восторженно восклицали «Господи, помилуй!», видя, как свыше показано нам предивное знамение. И поставили ее в соборной церкви Святой Живоначальной Троицы возле алтаря у южных дверей. С того времени начались многие и разные исцеления, бывшие с людьми, приходящими с верою к образу Матери Господа».

Чудо от иконы совершилось во время большого мора, бывшего в Пскове в 1567 году. С тех пор сочинена ей особенная служба, изложенная в Московской сентябрьской месячной минее, изданной в 1666 году. Празднование в честь этой иконы ежегодно совершается 24 сентября ст. ст.