Согласно летописи, каменная церковь построена в 1676 году. Её строительство связано с тем,что 11 мая 1676 года большой пожар истребил много храмов, в том числе и церковь Святой Параскевы Пятницы. В этой церкви находился чудотворный образ святителя Николая. После пожара прихожане построили каменную Николаевскую церковь, в которую и перенесли удотворный образ святителя. В 1676 году от иконы Святителя явилось чудо: «из обоих очей лика началось истечение слез в виде двух струй через всю икону. Их собирали в особый сосуд и показывали болящим, которые по вере получали исцеление...». В новой церкви устроили придел Святой Параскевы. Позднее придел Святой Параскевы переименован в Троицкий, и церковь иногда стали называть Троицко-Никольской. По другим сведениям, церковь построена в 1659 году псковским воеводой и стольником Иваном Хованским и Петром Шереметевым с другими вельможами. В 1786-1842 годах она была приписана к церкви Покрова Божией Матери от Торга. В 1808 году церковь предназначалась к сносу как совершенно ветхая, однако Святейший Синод снос церкви не разрешил. В 1843 году часть псковских старообрядцев во главе с наставником, впоследствии иеромонахом Михаилом, пожелали присоединиться к православию. Они попросили себе эту церковь, отремонтировали и 18 мая 1844 года её освятили. С этого времени службы в церкви совершались по правилам единоверия. Накануне передачи церкви икону Николая Чудотворца перенесли в соседнюю церковь Покрова от Торга. В 1890 году церковь и иконы отреставрированы. От других церквей Никольская отличается пятиглавием. Причем поставлены главы не по углам, а по сторонам света. После строительства главы были крыты черепицей. При ремонте церкви в 1913 году под полом обнаружены плитяные фундаменты двух столбов, что свидетельствует о том, что построена церковь была с купольным сводом. На западном фасаде церкви построена звонница. На ней имелись колокола 1693 и 1760 годов. Колокол 1760 года весил 25 п. 7 ф. Всего колоколов у церкви было пять.

С 22 сентября 1896 года с разрешения епископа Псковского и Порховского Антонина священник В.Востоков и псаломщик А. Флоренский проводили в воскресные дни после акафиста религиозно-нравственные и противораскольнические чтения.

На Мироносицком кладбище в 1878 году в основном на средства церковного старосты купца Ивана Егоровича Дервина построена каменная часовня.

15 февраля 1914 года крестным ходом из Троицкого собора в единоверческую церковь Святителя Николая перенесена икона Святителя Гермогена, освященная в Москве на гробнице Святителя. Икона приобретена Николаевской церковью на пожертвования прихожан.В 1917 году здесь служил священник Георгий Шлепетинский, 3 июля 1917 года он уволен за штат. После него служил священник Петр Данилевский. Сведения о них после 1917 года не выявлены. 5 июня 1920 года составлен акт отделом управления  Псковского уездно-городского исполкома о передаче церкви религиозному обществу. Со стороны верующих акт подписал священник Иоанн Иосифов.

Церковь закрыта до Великой Отечественной войны. В ходе боевых действий в годы Великой Отечественной войны в церкви был сильный пожар. Распоряжением Администрации Пскова от 14 сентября 1995 года церковь передана Псковскому духовному училищу.

Адрес: ул. Некрасова (бывшая Губернаторская), 35.