По одной из версий название Мишарина гора, по преданию, происходит от дьяка Мисюря Мунехина, жившего в первой половине XYI столетия, известного своей благотворительностью и усердием к церквам Божьим. Известный краевед Н. Ф. Окулич-Казарин более правдоподобным считал происхождение

этого названия от маленьких болот, называемых мшарами, которыми гора была окружена в древности. Милявица, или Милевка - небольшой ручей, текущий у подножия Мишариной горы.

Церковь построена в 1547 году, каменная. Первоначально храм был монастырским. В Писцовой книге под 1623 годом упоминается мужской Котельников монастырь с Мишариной горы. О Псковском Котельникове монастыре есть упоминание в Четьях минеях митрополита Всероссийского Макария. Над перепиской миней в 1553 году  трудились около ста писцов, среди них - псковский инок  Касьян с Гремячей горы и писец из Котельникова монастыря. Предположительно, игуменом Котельникова монастыря в 60-е годы XYI века был Василий-Варлаам. Он автор житий Евфросина Псковского, Александра Невского, Всеволода-Гавриила. Житие Евфросина Псковского написано им в 1547 году. Помимо житий, Варлаам написал службы и каноны Евфросину, Савве Крыпецкому, Нифонту, Георгию Болгарскому. Игумену Варлааму приписывается  авторство «Повести о прихождении гордого польского короля Стефана Батория на Богоспасаемый град Псков». В начале XYIII века монастырская церковь стала приходской.

В 1808 году церковь предназначалась к сносу как совершенно ветхая, однако Святейший Синод снос церкви не разрешил. В 1882 году псковским купцом Петром Михайловичем Стехновским перед входом в церковь сделана каменная пристройка. В 1892-1893 годах ремонтно-реставрационные работы в храме проведены на средства церковного старосты, почетного гражданина Пскова Ивана Михайловича Кафельникова. В церкви два престола. Главный - Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова, в приделе - Святого Мученика Иоанна Воина. С 1786

по 1808 год к ней приписана церковь Георгия со Взвоза, в 1834 году приписана церковь Святых Равноапостольных  Царя Константина и матери его Царицы Елены. Колокольня построена одновременно и в связи с церковью, на ней висели шесть колоколов. Большой колокол весил 36 п. 16 ф., второй и третий колокола - по три пуда каждый, вес четвертого колокола - 2 п., пятого и шестого колоколов - по 27 ф. каждый. На большом колоколе была надпись: «Лит колокол в СПТ купецкий сын Михаил Стуколкин 1845 года мая 5 дня в Псковскую Иоанно-Богословскую Мишаринскую церковь». В приходе существовали три деревянные часовни: Святителя и Чудотворца Николая близ деревни Хрястолово, Преподобномученицы Анастасии в деревне Горы и Святой Мученицы Анастасии. При церкви существовали церковно-приходское попечительство,

богадельня, больница; церковно-приходской школы не было. В конце XIX века в деревне Козий Брод была церковно-приходская школа, но она закрылась в 1895 году из-за близости к городским школам. В приходе церкви были деревни Филоново, Панино, Хлебная Горка. Вокруг церкви расположено кладбище. Здесь погребены краевед и историк С. А. Цвылёв, реставратор В.П. Смирнов, воины, погибшие при выполнении боевого долга в Чечне.

С 1913 года в церкви служил священник Феодор Васильевич Колобов. В 1927 году после нескольких арестов его выслали на Урал, по другим сведениям - в Сибирь. Его жена последовала за ним, оба они исчезли бесследно. Псаломщиком-дьяконом служил Михаил Лебедев. О его дальнейшей судьбе ничего не известно.23 декабря 1936 года Псковский окрисполком принял решение о закрытии церкви, однако по другим сведениям, богослужения в храме продолжались до Великой Отечественной войны. В годы войны церковь получила частичные повреждения кровли, стен, наружной и внутренней отделки. В 1970-1989 годах по проекту В. А. Лебедева проведена реставрация церкви. Однако службы здесь не велись, здание церкви было в небрежении.Решением Псковского горисполкома от 3 марта 1965 года закрыто для массовых захоронений кладбище вокруг церкви.В 1992 году первые службы совершались на улице, при входе в храм, 1993-й год встречали в приделе Святого Мученика Иоанна Воина. Возрождение храма Святого Иоанна Богослова связано с именем игумена Ионы (Муханова) 4 января 1937 - 19 мая 1999). Среди тех, кто помог ему в восстановлении церкви - директор Псковского кабельного завода Виктор Петрович Кукушкин, Борис Анатольевич Федюк, Сергей Михайлович Дробжев. Восстановленная колокольня стала одной из первых полных звонниц в Пскове. Колокола в Ярославле заказал Б. А. Федюк, его же заслуга в том, что храм имеет всю необходимую утварь. За заслуги в деле восстановления православных церквей Святейший Патриарх Алексий II наградил Б. А. Федюка орденом Сергия Радонежского III степени и грамотой. Многие годы в церкви служится молебен с акафистом апостолу и евангелисту Иоанну Богослову «О умножении любви и искоренении ненависти и всякой злобы».25 августа 2001 года архиепископ Псковский и Великолукский Евсевий освятил восемь колоколов, отлитых в Воронеже по старинному способу артелью «Гончаров и Ко».20 мая 2006 года архиепископ Евсевий освятил Крест мемориала, посвященного священнослужителям храма Иоанна Богослова, игуменам Котельникова монастыря, двумстам русским офицерам, замученным китайскими красноармейцами в Гражданскую войну, и всем здесь погребенным православным христианам. Крест сооружен на средства, пожертвованные директором фирмы «Вайт» Николаем Вячеславовичем Степановым. Сегодня при храме действуют детская воскресная школа, паломническая служба, получившая статус епархиальной.

Неподалеку от церкви находится база отряда «Зубр». Перед командировками в «горячие точки» по просьбе бойцов совершается молебен «Благословение воинам на брань» с освящением знамени и оружия. Бойцы приходят в храм со знаменем и в полном боевом вооружении, т.к. в молебне совершается «Чин освящения оружия». Вместе со священником и прихожанами бойцы просят «... силу и крепость на сотрение и попрание крепости супостат».

Адрес церкви: ул. Аллейная, д. 21.