Погост Устье упоминается в «Псковской летописи» под 1472 годом. 1 октября 1472 года в Псков прибыл гонец и сообщил, что царевна Софья Палеолог, невеста Великого князя Ивана Васильевича, едет в Москву через Псков. 11 октября псковичи выехали на Чудское озеро, чтобы в устье Эмбаха встретить Софью. Достигнув Русской земли, видя знаки любви и слыша приветствия русских людей, царевна не захотела оставаться на ливонском берегу. Степенный посадник принял ее и всех, бывших с нею, на псковские суда. Они плыли два дня по Чудскому озеру, остановились у Святого Николая в Устье и здесь ночевали. Отсюда на другой день они отправились в Псков, и 13 сентября царевна прибыла в Снетогорский монастырь, где в ее честь игумен с братией отслужили молебен. Отсюда в царских одеждах она отправилась в Псков. В 1671 году, при царе Алексее Михайловиче, земли были пожалованы за верную службу царю Ивану Тихоновичу Назимову, в XYIII - XIX веках землями владели его потомки.

Существующая в настоящее время церковь построена во второй половине XYвека. В XYI-XYIIвеках сооружен притвор с трехстолпной звонницей и украшенным росписью порталом. Придельная церковь во имя Казанской иконы Божией Матери пристроена с южной стороны в XYIII веке, затем она неоднократно расширялась. В 1866 году к расписанному фресковой живописью фасаду пристроены трехъярусная колокольня и новый притвор. 1 сентября 1882 года здание пострадало от пожара. Церковь возобновлена в том же году на церковные средства и пожертвования. Придельная церковь возобновлена в 1883 году. В церкви находилась икона Святого благоверного Великого Князя Александра Невского, устроенная прихожанами в память потомству о Высочайше пожертвованных 17 января 1884 года Государем Императором Александром III 2000 рублей на восстановление храма после пожара. В 1885 году в главной церкви установлен новый иконостас. Последний раз южный придел и притвор расширялись в 1904 году.

Церковь построена из каменной плиты, колокольня тоже из плиты, в связи с церковью. На колокольне висели четыре колокола. Большой колокол весил 50 п., имел надпись: «Отлит в 1818 году в погост Устье на Великой реке ко храму Св. и Чудотворца Николая». Второй колокол был новый, на нем надпись: «Лит в граде Валдае Новгородской губернии в заводе купчихи Пелагеи Ивановой Усачевой. Весу 30 пуд. 14 фун. 1889 года». Вес двух других колоколов неизвестен, надписей они не имели. Престолов в церкви было два. Главный престол - во имя Святителя и чудотворца Николая, в приделе - во имя Казанской иконы Пресвятой Богородицы. При церкви находится кладбище. На кладбище был похоронен Николай Петрович Яхонтов (1704-1840), композитор, автор опер, владелец имения Туховик, строитель домовой церкви Воскресения Христова в своем имении.Могила его не сохранилась.

В деревне Малая Листовка находилась деревянная ветхая часовня во имя Святых Мучеников Флора и Лавра. В ночь на 8 ноября 1891 года она сгорела, 11 октября 1892 года освящена новая каменная часовня.

Церковно-приходское попечительство утверждено епархиальными властями 25 марта 1895 года. Больницы и богадельни при церкви не было. В 1885 году при погосте учреждена церковно-приходская школа. В 1900 году в ней обучались 42 ученика. В 1899 году, 12 ноября, при церковно-приходской школе учреждена воскресная школа. В 1900 году в ней учились 97 учеников.

В начале XIX века в церкви было 735 прихожан, в 1900 году - 1473.

В 1917 году священником служил Нил Федорович Успенский. 1 октября 1917 года он возведен в сан протоиерея, должность псаломщика была вакантной. В 1920 году епископом Псковским и Порховским Геннадием (Туберозовым) рукоположен в сан священника Николаевской церкви Николай Петрович Сарапов.

Церковь закрыта в соответствии с постановлением Псковского губисполкома от 4 января 1926 года: «Учитывая возможность обвала здания, церковь в погосте Устье впредь до производства капитального ремонта закрыть». Постановлением от 6 сентября 1926 года верующим разрешено пользоваться церковью, но в начале 30-х годов ХХ века церковь вновь закрыли.

В годы Великой Отечественной войны церковь сильно пострадала: сбита глава, сильно разрушен придел. В 1956-1961 годах проводилась реставрация церкви. Церковь восстановлена и отреставрирована в формах XYI-XYIIвеков. Автор проекта реставрации - Б.С. Скобельцын.

Современное селение Устье находится в Псковском районе.