Церковь построена в 1779 году, находится рядом с храмом Сорока Мучеников. В 1862 году церковь расширена за счет притвора, уничтожена деревянная колокольня. Все работы произведены на личные средства церковного старосты купца Плешкова. Престол в церкви один. Службы в ней совершались с ноября по Великую пятницу.

В соответствии с Тартуским договором, с 1920 года город Печоры входил в состав Эстонии. Указом Синода Эстонской Апостольской Православной Церкви от 2 апреля 1931 года при церкви открыт эстонский православный приход, утвержден Эстонским правительством под названием «Богородицкий», поскольку первые богослужения совершались в Благовещенской церкви Печерского монастыря. Вакансия миссионера для сету была открыта еще в 1885 году определением Святейшего Синода, но по неизвестным причинам никто на эту должность назначен не был. После церковной реформы 1935 года сетуский приход получил храм Святой Варвары. В 1944 году город возвращен России и включен в состав Псковской области. Церковь действующая. Сейчас приход считается русско-эстонским.