В близи церкви в старину находилась болотистая местность, называвшаяся псковичами «лужищем», отсюда и произошло обиходное название церкви. Находившиеся вблизи Сергиевские ворота назывались еще Лужскими. Каменная церковь построена в 1581-1593 годах. Это самая маленькая в Пскове церковь. Она была одноглавой, с тремя апсидами на подклете. Причиной её строительства был перенос Сергиевского монастыря из посада в связи с событиями Ливонской войны. Во время бунта 1650 года, продолжавшегося почти полгода, из очей иконы Божией Матери Одигитрии потекли слёзы. Бунт после этого пошел на спад. Монастырь существовал с 1581 по 1710 год. В 1710 году Сергиевский монастырь приписан к Любятовскому Николаевскому монастырю и стал его подворьем. Придел церкви пристроен в 1786 году по благословению архиепископа Псковского и Рижского Иннокентия (Нечаева), данному 20 февраля 1785 года псковскому купцу Ивану Яковлевичу Постникову, который просил позволения устроить придел в честь Никандра, Псковского Чудотворца, на свои средства. Одновременно пристроен притвор церкви. В 1808 году церковь предназначалась к сносу как совершенно ветхая, однако Святейший Синод снос церкви не разрешил. В 1831-1833 годах приделы возобновлены старанием церковного старосты Ладыгина. До начала ХХ века сохранялось первоначальное покрытие главы ерамическим зелёным лемехом. Несмотря на ремонт храма, его признали недостаточно прочным, и в 1883 году богослужения были прекращены. 26 августа 1884 года церковь освидетельствована младшим инженером Данишевским, который признал её «в безусловно неблагонадёжном и опасном положении». 24 мая 1884 года церковь освидетельствовали техник строительного отделения с депутатами с духовной стороны, были обнаружены трещины в стенах и на сводах подвального этажа, притвор и крыша признаны ветхими. Комиссия вынесла предложение по «безотлагательному» приведению здания в порядок. Церковно-приходское попечительство через печать обратилось к населению с воззванием о пожертвованиях на ремонт церкви, также были выданы две сборные книжки и подписной лист для сбора пожертвований в приходе. На собранные средства в церкви, в соответствии с предписаниями комиссии, были проведены необходимые работы, церковь укрепили, главу покрыли железом, накаты притвора и придела сделаны новые, оштукатурен потолок, вставлены новые рамы и двери. В 1885 году иконостас реставрирован на собственные средства (3500 р.) председателя попечительства, Псковского губернатора Михаила Борисовича Прутченко, пожертвования его супруги (2100 р.) и отчасти других жертвователей. За всеми ремонтными работами в церкви следил архитектор Борщов. 24 июня 1886 года работы по ремонту церкви освидетельствованы комиссией в присутствии благочинного и прихожан. Комиссия пришла к выводу, что предложения 1884 года по укреплению церкви выполнены. 5 июля 1886 года церковь после ремонта освящена, богослужения в ней возобновились. Михаила Борисовича Прутченко, не дожившего до окончания ремонта, было решено внести в синодик церкви «для всегдашнего поминовения за его жертвы в пользу сего храма». В последующие годы периодически производился косметический ремонт внутри и снаружи церкви.Престолов в церкви было два. Главный престол - во имя Преподобного Сергия, в приделе - во имя Преподобного Никандра, Псковского Чудотворца. После 1764 года приписана к Алексеевской церкви, в 1813 году по ходатайству прихожан приписана к Ново-Вознесенской церкви. Своего причта церковь не имела. В начале ХХ века церковь передана Сергиевскому реальному училищу. На северной стороне церкви находилась двухпролетная звонница. Первоначально вокруг церкви было небольшое монастырское кладбище. В 1893 году с разрешения начальства место вокруг церкви отдано Тульчиеву по контракту на 12 лет под сад. В июне 1920 года отделом управления Псковского уездно-городского исполкома составлен акт о передаче церкви религиозному обществу. От лица верующих акт подписал священник Константин Знаменский. В 1937 году он был арестован и 2 января 1938 года расстрелян.23 декабря 1936 года Псковский окрисполком принял решение о закрытии церкви.В годы Великой Отечественной войны церковь сильно пострадала от попадания авиабомбы, была сильно разрушена алтарная часть, огнём уничтожена крыша, повреждена глазурованная черепица на изразцовой маковке. В 1969 году исследованиями церкви занималась Н. С. Рахманина. Церковь не действующая, стоит без главы и купола, её адрес: ул. Свердлова, д. 42.