Церковь построена в первой половине XYII века из каменной плиты на месте деревянной церкви, сооруженной по обету в 1522 году, во время морового поветрия (эпидемии). Деревянная церковь построена при Великом князе Василии III Иоанновиче за счет великокняжеской казны. В 1590 году церковь сгорела, и новую церковь построили каменную. В церкви было два престола, главный - Покрова Пресвятой Богородицы, в приделе - Нерукотворенного (Нерукотворного) Образа Христа Спасителя. По указу Псковской духовной консистории в 1786 году к ней приписаны церкви Святителя Николая Явленного от Торга и Великомученицы Варвары. В 1914 году приписной числилась только церковь Великомученицы Варвары. До введения штатов в 1876 году в причте церкви были священник, дьякон и два причетника. По штатам 1876 года в церкви положено быть священнику и псаломщику. Колокольня построена в связи с церковью. На колокольне висели девять колоколов, вес большого колокола - 32 п. 13 ф., вес следующего по величине - 15 п. 35 ф., вес остальных неизвестен. Один из колоколов, датированный 1548 годом, имел надпись: «...а лил мастер Псковитин многогрешный и грубый смыслом Прокофей Григорьев сын. Слава свершителю и всехитрецу Единому Богу». Среди жертвователей на нужды церкви известны имена: Анна Ермакова, Мария Королева, Сергей и Мария Коринские, Параскева Образская, мещанка Разумова, статская советница Дерюгина, жена священника Павского, жена священника Ольга Васильевна Кудрявцева. С июня 1896 года при церкви существовало церковно-приходское попечительство, помогавшее бедным семьям  прихожан. Богадельни, больницы и церковно-приходской школы при церкви не было из-за недостатка средств. Поблизости аходились женское земское училище и две частные школы. Еще одна школа была при доме призрения бедных общества святой Марии. Церковно-приходская школа построена в 1904 году на средства приходского попечительства. При церкви был хор певчих из воспитанниц дома призрения. В чтении и пении принимали участие прихожане.С 1916 года в церкви служили псаломщик-дьякон Петр Данилевский и дьякон Иоанн Городовицкий. Сведения о них после 1917 года не выявлены. Старостой церкви с 15 октября 1913 года был псковский купец Василий Стуколкин. 

1 июня 1920 года составлен акт отделом управления Псковского уездно-городского исполкома о передаче религиозной общине приписной Варваринской церкви. 5 мая 1936 года Псковский окрисполком принял решение о закрытии церкви. Решением Псковского городского совета от 11 сентября 1939 года церковь разрешено использовать «под клуб и контору линейно-технического узла связи». В годы Великой Отечественной войны церковь получила частичные повреждения кровли, стен, наружной и внутренней отделки. В 1957 году в связи с выпрямлением улицы К. Маркса снесён придел. Колокольня реставрирована по проекту М. И. Семенова в 1964 году. 15 июля 1993 года администрация города Пскова издала постановление о передаче церкви Псковскому пархиальному управлению. Вместе с храмом епархии для размещения открываемого Псковского духовного училища передан дом № 37 по улице Некрасова. В этом доме до своего вынужденного отъезда в Эстонию жил знаменитый псковский краевед Николай Фомич Окулич-Казарин. На доме установлена мемориальная доска.

 Адрес церкви: ул. К. Маркса, д. 36.