Каменная, из плиты церковь построена после 1688 года на месте древней церкви Алексеевского женского монастыря. Во время осады Пскова войсками Батория, 1 сентября 1581 года, от их лагеря до монастырской церкви были прорыты траншеи. От Алексеевской церкви они ли к Свинорским и Покровским воротам. Здесь были ожесточенные схватки между сажденными псковичами, делавшими частые вылазки в стан врага, и польскими отрядами. Монастырь после издания «Духовного регламента» 1721 года приписан к Печерскому монастырю. Тёплый придел церкви построен в XYIII веке. В 1786 году церковь приписана к Сергиевской церкви, по другим сведениям - указом Псковской духовной консистории от 1788 года к ней приписана Сергиевская церковь. В 1808 году церковь предназначалась к сносу как совершенно ветхая, однако Святейший Синод снос церкви не разрешил. В 1814 году по ветхости церковь приписана к Старо-Вознесенскому монастырю, с 1854 года церковь вновь самостоятельная. Престолов в церкви два: главный - во имя Преподобного Алексия, Человека Божия, в приделе - Рождества Пресвятой Богородицы.

При церкви находилось кладбище, где хоронили жителей Алексеевской и Пановой слобод, а также монахинь Старо-Вознесенского монастыря. Колокольня также построена из плиты, в связи с церковью. На колокольне было девять колоколов, большой весил 42 п. 5 ф., второй колокол весил 19 п., вес остальных неизвестен.  

При церкви было приходское попечительство. В приходе, в деревнях Клишово и Кебь, находились две деревянные часовни. Когда и кем они построены - неизвестно. В 1917 году в церкви служил протоиерей Михаил Поспелов. Сведений о нём после 1917 года не выявлено. В 1900 году при церкви состоял 251 двор с 1448 прихожанами. 7 июня 1920 года отделом управления Псковского уездно-городского исполкома составлен акт передачи  церкви религиозному обществу. Кладбище при церкви закрыто постановлением губисполкома от 22 августа 1927 года, вторично решение о закрытии кладбища Псковский горисполком принял 8 июня 1948 года.

11 июля 1938 года комиссия по вопросам культов Ленинградской области, в состав которой в 1927 году вошла бывшая Псковская губерния, приняла решение о закрытии церкви. Храм передан под зернохранилище. В годы Великой Отечественной войны в ноябре 1943 года церковь была открыта для богослужений. В ходе боевых действий она получила частичные повреждения кровли, стен, наружной и внутренней отделки. После войны в храме был произведён ремонт, затем его вновь закрыли и передали предприятиям общественных организаций. Ремонтно-реставрационные работы вновь проведены в 1989 году.  В 1994 году церковь передана Псковской епархии. Регулярные богослужения в храме проводятся с 1997 года. В настоящее время церковь действующая, её адрес: ул. Советская (бывшая Великолукская), 100.